Dr.STONE

千空、大木タイジュに告白を後押しするも全人類が石化

石神千空（16歳）は幼なじみの大木タイジュが好きな女性に告白しようとする場に立ち会う。その直後、緑の光が地球全土を覆い、全人類と鳥類が突如石化する。千空は石の中でも意識を保ったまま秒数を数え続ける。

石神千空、3700年の石化から目覚める

石の中で意識を保ち続けた千空が、亜硝酸バクテリアが生み出したニトロと尿素の液体によって石化を解かれ復活する。時間を数え続けて算出した年代はおよそ5738年。石の世界で科学文明を再建することを決意する。

— 1巻第1話。石化から3,719年後（公式年表では5738年4月1日）。

タイジュ復活。ツバメの巣のニトロ酸から石化液を精製

千空がタイジュを石化から復活させることに成功する。二人はツバメの巣に蓄積したニトロ酸とエタノール（ブドウの酒）を組み合わせて「石化解除液」を完成させ、人類復活への道筋を確立する。

最強の原始人・獅子王司が復活、弱者を選別する思想で千空と対立

千空が「最強の原始人」獅子王司を石化から復活させる。司は旧文明の権力者を復活させないため石像を破壊し始め、科学で全人類を復活させようとする千空と対立する。千空は司に首を折られ「死」を偽装して逃亡する。

石神千空、石神村を発見しコハク・クロムと出会う

逃亡した千空は日本の山中に存在する石神村を発見する。村人は3700年前に宇宙に滞在していた千空の父・百夜と仲間たちの子孫であった。武闘派の少女コハクや自称「魔法使い」の少年クロムと出会い、科学王国建設を始動する。

— 石神村は3700年前に千空の父・石神百夜（JAXA宇宙飛行士）が宇宙ステーションの乗員6名と共に地球へ帰還し築いた村の末裔。

鉄・ガラス・火薬を次々と発明し、科学文明の礎を築く

千空は石神村でガラス・鉄の精製・火薬の製造を次々に実現する。ガラスはレンズや顕微鏡として機能し、鉄は武器や道具の材料に、火薬は採掘・戦闘に活用される。科学の連鎖反応が文明再建を加速させる。

スルファ薬（万能薬）を完成させ病に伏す巫女ルリを救う

石神村の巫女・ルリは原因不明の病を患っていた。千空はスルファ薬（サルファ剤）を合成して彼女を救い、村長選に優勝して村人の信頼を獲得する。これにより千空が村の科学技術的リーダーとして正式に認められる。

発電機・蓄音機・電話を発明。百夜の記録した歌が石神村に届く

千空は水車発電機を皮切りに電力を確保し、蓄音機（レコード）と電話を発明する。百夜が3700年前に石神村のために録音・保存していたリリアンの歌声がレコードから再生され、村人に現代音楽を届ける。電話は後の無線通信・石化戦争に不可欠な技術となる。

石化戦争勃発。科学王国vs司帝国、漢方大量石化で決着

獅子王司率いる司帝国と千空の科学王国が全面対立する「石化戦争」が勃発する。千空は無線電話・鉄の鎧・機動力を駆使して戦い、最終的に司の部下・氷月を漢方（コウナン）による眠り薬で無力化する。傷つき倒れた司は千空の意志を受け入れ、石化して保存される。

石油を発掘し車・飛行機の原型を開発、航海準備が本格化

千空たちは石油採掘に成功し、内燃機関を動力源とした初期の乗り物や飛行機の原型を開発する。ホワイマン（謎の通信者）が月から石化装置「メデューサ」の発信源と判明し始め、千空は世界規模の探索と宝島への航海を計画する。

科学船ペルセウス完成。航海士リュウスイを仲間に加えて出航

千空たちは木材・鉄・帆・エンジンを組み合わせた大型科学船ペルセウスを完成させる。強欲だが卓越した航海技術を持つ七海龍水を復活させ航海士として加える。南の宝島を目指してペルセウスが出航する。

— 5741年9月10日、ペルセウス完成（公式年表・ファンWiki）。

宝島のイバラを倒し、石化装置「メデューサ」を初獲得

千空たちは南の宝島に到達する。島の支配者・イバラはメデューサを悪用して住民を支配していた。千空は科学的策略でイバラを追い詰め、全島民の石化と解除を経て人類初のメデューサを入手する。ホワイマンの存在がより鮮明になる。

ホワイマンが月面に存在すると確認。千空「月に行く」と宣言

謎の通信を繰り返すホワイマンの発信源が月面であると特定される。ホワイマンは月に存在する石化装置「メデューサ」の集合体・機械型知性体と推測される。千空は宇宙ロケットを開発して月に向かうことを宣言する。

アメリカ上陸。天才科学者ゼノ博士の科学帝国と対立

ロケット開発に必要な資源と人材を求めて千空たちはアメリカ大陸へ向かう。現地では天才科学者ゼノ・ホワイトが独自の科学帝国を築いており、千空と知的・軍事的に激突する。ロケット開発のための素材確保と世界中の人類復活が並行して進む。

南アメリカの石化光線発信源でメデューサが起動、全人類が再石化

千空たちは石化光線の発信源を南アメリカに特定し接近する。スタンレー率いる部隊との決戦中、現場のメデューサが強制起動し、千空を含む地球上の全人類が再び石化する。石の世界が二度目の「0」に戻る。

スイカが一人で生き延び、千空復活のために奔走

再石化時に偶然石化を免れた小川スイカは、数年間ひとりで生き延びながら石化解除液の材料を集め、千空を復活させるために行動し続ける。スイカの孤独な奮闘がのちの再建の起点となる。

千空が復活し科学王国の仲間たちを順次復活、宇宙ロケット計画を再始動

スイカによって千空が復活し、科学王国のメンバーが順次石化から解放される。千空は改めてロケット開発計画を宣言し、発電・金属精製・燃料生産など宇宙開発に必要な技術の再整備を指揮する。

宇宙ロケット完成。千空たちが月面着陸に成功

千空たちは液体燃料ロケットを完成させ宇宙へ旅立つ。月面着陸を成功させ、ホワイマンの根城に到達する。無重力・真空・放射線など宇宙環境の困難を科学で乗り越えた末の快挙。

ホワイマンの正体はメデューサの集合体。千空が交渉し1体を地球へ持ち帰る

月面でホワイマンと対峙した千空は、その正体が石化装置メデューサの集合体による自律型機械知性体であることを突き止める。千空はホワイマンと交渉し、1体のメデューサが地球に残り他の個体は別の星に旅立つという形で決着をつける。石化の真相と全人類石化の経緯が明らかになる。

全人類がメデューサで一斉石化解除。文明が再建される

交渉の成果としてメデューサの石化解除機能を世界規模で発動させ、地球上の全人類が一斉に石化から解放される。千空が目指し続けた「全人類を取り戻す」という目標が科学の力によって達成される。

千空24歳。新文明の礎が完成し、新たな科学の時代が始まる

石化戦争・航海・宇宙開発を経て、千空は24歳前後で物語を終える。科学王国の技術と精神は世界中の人々に引き継がれ、全人類が科学の恩恵を受ける新文明の時代が幕を開ける。

— 最終話時点で千空は24歳（石化前16歳＋物語内経過約8年）。