メイドインアビス

ライザ、アビス最深部へ出発。リコはベルチェロ孤児院へ

伝説の白笛探窟家「殲滅のライザ」は娘リコが生後まもない時期にアビス最深部を目指す絶界行（ラストダイブ）を決行した。リコは父の死後、誘拐リスクを避けるためベルチェロ孤児院に預けられ、孤児として生活を送る。

リコ、深界一層でレグを発見

12歳の赤笛探窟家リコが深界一層の探窟中に、記憶を持たないロボットの少年レグが気絶しているところを発見する。施設に連れ帰ったレグはオースの街や探窟を巡り記憶を取り戻そうとするが、ライザの遺物の中にレグと思われる人物の記述が見つかる。

— 1巻第1〜2話。リコ12歳。

リコとレグ、アビス降下を開始

ライザが最深部から発信したとされる信号と、「アビスの底で待つ」とのメッセージを受け取ったリコは、レグと共にオースを脱出してアビスへ降下を開始する。深界二層「誘いの森」を経て下層を目指す。

— 1巻第3〜4話。

オーゼンの監視基地に到着、レグの過去と修行

深界二層から三層の境にある「監視基地（セイカーキャンプ）」で白笛探窟家オーゼンと出会う。オーゼンからライザが発見した「命を響く石」によってリコが蘇生された経緯が明かされる。レグは10日間の野外訓練を課され、戦闘力と体力を鍛える。

— 2〜3巻。オーゼンは白笛「不動のオーゼン」。

深界四層でリコ、タマウガチの毒に倒れる

深界三層「大断層」を超え四層「巨人の盃」に到達したリコとレグは、原生生物タマウガチの針を受けたリコが毒に倒れ生死の境をさまよう危機に陥る。レグは手が届かない場所にいたナナチへ助けを求め、ナナチが毒の治療を施す。

— 3〜4巻。ナナチは成れ果てで、深界四層に居住していた。

ミーティとナナチの過去が明かされる。ミーティを安らかに逝かせる

ナナチが白笛ボンドルドの人体実験によって成れ果てとなった経緯と、苦しみ続ける親友ミーティの存在が明かされる。リコとレグはナナチの願いを聞き、レグの出力した熱線でミーティを安らかに逝かせることを決断する。ナナチは一行に加わる。

— 4〜5巻。ボンドルドは深界五層「前線基地」を拠点とする白笛。

深界五層に到達、黎明卿ボンドルドとの戦い

三人は深界五層「屍の海」の前線基地イドフロントに到達し、白笛「黎明卿」ボンドルドと対峙する。ボンドルドは子供を実験に利用する者であり、ナナチの過去の元凶でもある。苛烈な戦闘の末、三人はボンドルドを退けて深界六層への道を開く。

— 劇場版「深き魂の黎明」（2020年）相当。5〜7巻。

プルシュカが白笛「命を響く石」となり、リコの手に渡る

ボンドルドに育てられた少女プルシュカは、ボンドルドの実験によって「命を響く石」へと変化し、リコの白笛の核として生まれ変わる。リコは白笛を授かり、深界六層以深へ進む正式な資格を得る。

— 劇場版「深き魂の黎明」終盤。リコの白笛=プルシュカの魂。

深界六層に到達。成れ果て村「イルぶる」へ

リコ・レグ・ナナチの三人はついに深界六層「還らずの都」に足を踏み入れ、成れ果てたちが暮らす村「イルぶる」に到着する。ここで帰還すれば人間性を失うか死ぬかという、六層ならではの過酷な呪いの現実に直面する。

— アニメ2期「烈日の黄金郷」（2022年）。深度13,000m〜15,500m。

ガンジャ隊の過去とイルぶる誕生の経緯が明かされる

かつてアビスに渡来した探索隊ガンジャの記録が語られる。隊長ワズキャンが現地民ファプタの母との契約によってイルぶるを創設した経緯、ヴエコやベラフが成れ果てとなった過程、そしてファプタが生まれた背景が明かされる。

— 7〜8巻。ガンジャ隊は現在から遙か昔の出来事。

ファプタが村に侵攻。レグとファプタの再会と村の解放

「成れ果て姫」ファプタが過去の契約の清算を求めてイルぶるに侵攻し、村は壊滅的な打撃を受ける。ファプタはレグに深い縁があることが判明し、最終的にレグとリコたちはファプタと和解してイルぶるの呪縛から解放される。

— 8〜9巻。アニメ2期終盤。

深界六層最深部を経て七層へ向かう

イルぶるを後にしたリコたちは深界六層の最深部を進み、さらに下の深界七層を目指して旅を続ける。上昇負荷が人間性の喪失または死を意味する六層を越え、未踏の領域へと踏み込んでいく。

— 漫画最新巻時点の展開。2026年新作映画「深き魂の黎明II」での描写を含む可能性あり。